Después de un ciclo postdoctoral en Madrid, inicia la docencia formal en su Alma Mater, la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa. Por esas fechas es nombrado Director de la Casa de la Cultura de Arequipa, lo que le permite trabajar sobre su otra pasión: la cultura tradicional y popular.

En 1964 obtiene el Premio Nacional de Cultura, en la especialidad de filología y crítica, con su "Estudio y Edición del Discurso en Loor de la Poesía". Al año siguiente organiza y lleva a cabo el magnífico Primer Encuentro de Narradores Peruanos, en el que críticos como Alberto Escobar y José Miguel Oviedo, y novelistas como Ciro Alegría y José María Arguedas reconocen su agudeza de pensamiento y su inusual persuasión expresiva.

Al año siguiente acepta la tentadora oferta de una nueva universidad privada de Lima, lo cual hace posible que, al entrar en crisis esa universidad, lo tome San Marcos como uno de sus profesores de crítica de textos y teoría literaria. No tarda en ser nombrado Director de la Casa de la Cultura del Perú, hoy Instituto Nacional de Cultura.

De ahí en adelante su reputación y la influencia de sus trabajos crecen de manera meteórica. Alejandro Losada, entonces profesor visitante de San Marcos, lo declara públicamente el crítico peruano vivo de mayor proyección continental.

En 1973 aparece en el sello de la Editorial Losada de Argentina su fundamental estudio Los universos narrativos de José María Arguedas. Ese mismo año, con Nelson Osorio, Tomás Escajadillo, Raúl Bueno y otros colegas , funda la Revista de Crítica Literaria Latinoamericana, cuyo primer número no aparece sino hasta dos años después, entre otras razones por la clausura violenta que hace la dictadura chilena de la revista fraterna Problemas de Literatura de Valparaíso, dirigida por Osorio.

Con la difusión internacional de su revista vendrán las invitaciones a congresos y a cátedras para profesores visitantes. Entre sus visitas más memorables él solía mencionar sus temporadas en las Universidades de Maryland, de Berlín y Central de Venezuela (Caracas).

Aunque el sistema crítico de Cornejo Polar, que gira en torno a la categoría de la heterogeneidad discursiva, había sido insinuada por él en la época del Primer Encuentro, y le había rendido frutos en su libro sobre Arguedas, es en marzo 1977, en el Centro de Estudios Latinoamericanos "Rómulo Gallegos" de Caracas, que articula por primera vez con suficiente extensión y claridad los fundamentos conceptuales de todo su registro.

No habrá de cambiar después. Es decir, no habrá de rectificarse, sino que habrá de ampliar los ámbitos de acción de su pensamiento, y refinar las categorías de más alcance, en una coherencia intelectual casi sin par en el pensamiento latinoamericanista. Así pasará, para decirlo de manera sucinta, de la heterogeneidad discursiva a una heterogeneidad de mundo, y luego a una heterogeneidad de sujetos de producción discursiva, y después a una heterogeneidad de situaciones discursivas dentro del mismo sujeto (el sujeto migrante).

Lo demás --sus numerosos artículos y libros sobre el indigenismo, la novela peruana y latinoamericana, la formación de la tradición literaria en el Perú (en donde su afición por la historia muestra al fin su punta mayor) y sobre los orígenes de una heterogeneidad a la vez socio-cultural y discursiva (su brillante libro Escribir en el aire que gira en torno al primer choque entre la oralidad y la escritura durante la conquista de America)--son historia ampliamente conocida.

Como lo son su brevísimo --aunque altamente creativo--Rectorado de San Marcos (1985-86) y su fecunda docencia en las universidades de Pittsburgh (1986-93) y Berkeley (1993-97).

En su adolescencia había querido ser historiador, o músico, o torero. En su adultez logró ser, de manera algo metonímica en el primer caso y metafórica en los dos últimos, las tres cosas a la vez, sin contradicciones.

Dio cuenta de la índole de los procesos de la cultura peruana y andina, orquestó la autonomía y validez de una crítica latinoamericana y latinoamericanista, y detectó y sorteó como nadie las trampas de la ideología de la dominación en los mundos heterogéneos de América Latina.